三代数测序据分析

三代测序技术简介

三代测序技术（Third Generation Sequencing）是目前较为流行的科研手段。其长读长和高通量的优势，很好的补充了二代测序数据和Sanger测序数据的不足。

三代测序数据分析中的问题

• 但是三代测序技术在数据分析时存在一系列问题：
• 如软件安装相对繁琐
• 目前三代分析软件常用的调度系统为SGE或Slurm，其对任务占用资源的监视和控制能力，存在明显短板。因此在有其他分析过程中，三代分析作业的存在会对其他类型作业的稳定运行产生一定的影响。
• 三代测序对计算资源的使用常为突发性的。如果不允许三代测序分析作业，资源利用常常存在空闲，不能充分利用计算资源。

Achelous 平台对三代数据分析的支持

• Achelous在开发时考虑了，三代测序分析的种种问题。开发了兼容SGE调度的接口，三代测序数据分析用户，可以通过Achelous进行作业提交，并且由于Achelous的资源管理能力，可以实现资源在最大程度上的合理使用。

• 例如，三代数据的基因组组装（Genome Assembly）常用的工具Falcon可以在Achelous上顺利执行，同时，在空闲时间，用户也可以在同一集群执行WDL作业。