WDL 学习笔记

作者简介

王亚静，曾就职于百迈客、博奥晶典、荣联科技等多家生物信息行业公司。有着丰富的流程编写和项目分析经验。作为Achelous 的忠实拥趸，在工作中，通过使用Achelous 的 WDL 语法解析功能，极大限度地减少了流程开发和移植地工作难度。下面是亚静使用Achelous 的WDL 语法解析功能的一些心得体会，希望对大家有帮助 :)

为什么选用 WDL 作为流程开发的标准语言

作为生物信息工程师，有很大一部分是流程搭建的工作，从业7年的时间里，用过shell，perl等工具去搭建流程，多少会存在一些代码冗余，流程移植等问题，因此也在尝试新的方法。Broad开发的wdl流程编写语言个人觉得是十分简洁的，语法简单，能够轻松入门。 WDL在github上有官方的网址可以查阅使用方法（ https://github.com/openwdl/wdl/blob/main/versions/1.0/SPEC.md ），也有一些使用案例可以“照猫画虎”（ https://github.com/openwdl/learn-wdl/tree/master/2_pipeline_examples ）。

WDL 内容精要

下面我以个人经验大概介绍下WDL

1. WDL核心结构：

整个上面的图出现了WDL的基本概念：workflow、call、task、command、output。
如上左图，workflow定义了一个可执行的流程，它由call调用的一系列task组成的，由call 语句调用在workflow block里面，task本身定义在外围；如上有图，task部分主要由command和定义的部分组成，command用来写你要运行的命令， output是指定输出，是workflow逻辑关系连接的纽带。task可以是一个模块化的一系列命令，具有可以复用的特性。